Naruto est un garçon solitaire au caractère fougueux et n'est pas des plus appréciés dans son village. Il a au fond de lui l'ambition de devenir un maître hokage, la plus haute distinction dans l'ordre des ninjas. Il espère ainsi obtenir la reconnaissance de ses pairs.
La suite des aventures de Naruto, ce garçon solitaire au caractère fougueux, à la recherche du secret de sa naissance et toujours à la conquête de la plus grande distinction dans l'ordre des ninjas : celle de maître Hokage.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée. L'effroyable organisation Akatsuki a surgi de l'ombre pour attaquer Gaara, devenu Kazekage.
Naruto et ses amis se dirigent vers le repaire de l'Akatsuki pour sauver Gaara, prisonnier de l'infâme organisation. Mais Itachi se dresse sur leur chemin et, au même moment, Kisame apparaît devant le groupe de Gaï, parti en renfort.